Phương pháp phân lập vi khuẩn nhằm tách riêng các vi khuẩn từ quần thể ban đầu tạo thành các dòng thuần khiết để khảo sát và định loại. Khi vi khuẩn tăng trưởng và phát triển trên bề mặt môi trường rắn đã tạo ra những khuẩn lạc, hình thái của các khuẩn lạc sẽ mang tính đặc trưng của từng loại vi khuẩn.
Các mẫu bệnh phẩm ở vị trí có sự hiện diện của vi khuẩn thường trú như phổi, phân, ruột, gan, tim, …thì sẽ mọc nhiều loại khuẩn lạc khác nhau. Người làm xét nghiệm sẽ lựa chọn khuẩn lạc nghi ngờ để định danh. Vi khuẩn được định danh bằng các kit thử sinh hóa, quan sát hình dạng dưới kính hiển vi, phản ứng PCR, ….
Kháng sinh đồ là một phương pháp được thực hiện nhằm xác định mức độ nhạy cảm của kháng sinh thử nghiệm đối với loại vi khuẩn gây bệnh. Từ đó giúp lựa chọn kháng sinh phù hợp để điều trị trong trang trại, biết được loại kháng sinh mà vi khuẩn còn nhạy cảm thì có thể hạn chế việc sử dụng những kháng sinh mạnh chưa cần thiết.
