Giải trình tự gene mục tiêu 2 chiều bằng phương pháp Sanger hay giải trình tự toàn bộ bộ gene bằng phương pháp NGS (Next-Generation Sequencing). Sau đó, trình tự gene mục tiêu hay toàn bộ trình tự bộ gene được xử lý và phân tích bằng các phần mềm sinh tin học.
ỨNG DỤNG:
- So sánh trình tự các mẫu cho thấy mức độ tương đồng (% tương đồng) giữa các mẫu với nhau theo thời gian (đánh giá tốc độ đột biến của virus theo thời gian), không gian (phân bố khu vực địa lý của các chủng).
- So sánh trình tự các mẫu với các trình tự vaccine nhằm đánh giá mức độ tương đồng (có thể đánh giá các mẫu thực địa có liên quan đến vaccine không).
- Phân tích phát sinh loài (cây sinh dòng) với các trình tự tham khảo nhằm cho thấy sự liên quan đến các chủng virus đã được công bố trước đó (ở Việt Nam và trên thế giới).
- Giải thích các điểm tương đồng (vị trí tương đồng/khác biệt) của mẫu với các chủng virus đã công bố trước đó hoặc với chủng virus vaccine nhằm bổ sung thông tin về khả năng đột biến gen của virus
Các xét nghiệm giải trình tự gene và phân tích di truyền: PRRSV, PCV2, PCV3…
